Christliche Bewegungen, die sich von der Staatskirche lösten, gab es schon immer. Doch vor allem im 12. Jahrhundert entstand mit den Waldensern eine Laienbewegung in Frankreich und Norditalien, die als Vorläufer der späteren freikirchlichen Gruppen, Gemeinden und Gemeindeverbänden gesehen werden kann.
Petrus Waldus, Gründer einer der ersten freikirchlichen Bewegungen.
Die Waldenser entstanden aus einer Protestbewegung gegen den Reichtum in der damaligen katholischen Kirche heraus. Der ehemalige reiche Kaufmann Petrus Waldus predigte die Armut und die praktische Hilfe an sozial Benachteiligten. Er zog sich die Gegnerschaft von Kirche und Papst zu und wurde schliesslich exkommuniziert. Die historischen Wurzeln der Mennoniten liegen im teilweise radikalen Täufertum des 16. Jahrhunderts, welches durch sein Ausbrechen aus den etablierten Kirchen heftige Reaktionen und Verfolgungen auslöste.
In England und Schottland kam es im 17. Jahrhundert zu betont calvinistisch-reformierten Abspaltungen von der anglikanischen Kirche (Puritaner) aus denen sich Presbyterianer, Kongregationalisten und Baptisten entwickelten. 1843 spaltete sich die Free Church of Scotland von der ebenfalls calvinistisch-reformierten Church of Scotland ab. Ebenfalls in England bildeten sich unter George Fox die Quäker, eine Bewegung, deren Engagement heute vor allem in der Friedensbewegung spürbar ist.
Im deutschen Sprachraum sind missionarische Gemeindegründungen aus dem Pietismus hervorgegangen, so die Herrnhuter Brüdergemeine unter Nikolaus Graf von Zinzendorf. Der Pietismus war eine Reaktion auf die Erstarrung des christlichen Lebens in der lutherischen Kirche im 17. und 18. Jahrhundert. Er löste eine Erweckungsbewegung aus und inspirierte zum Beispiel Christian Friedrich Spittler, den Begründer der Chrischona-Freikirche sowie zahlreicher sozialer Institutionen.
Im 18. Jahrhundert wurde in England von John Wesley der Methodismus in England als weit reichende Reformbewegung innerhalb der anglikanischen Kirche gegründet, die zuerst in den USA und im 19. Jahrhundert auch in England eine selbständige Kirche wurde.
Quasi als eine Spätfolge der revolutionären angelsächsischen Freikirchen-Bewegung zu Anfang des 19. Jahrhunderts und der damit einhergehenden Zersplitterung in mehrere baptistische Gruppen entstanden zuerst in Grossbritannien und später auch in Deutschland die ersten so genannten Brüdergemeinden. Sie wurden nach ihrem Begründer John Nelson Darby auch Darbysten genannt). Im gleichen Jahrhundert entstanden durch das Wirken von einflussreichen Persönlichkeiten eine Reihe weiterer Bewegungen und Freikirchen wie etwa die Freien Evangelischen Gemeinden.
In dem Bestreben, soziales Handeln und missionarische Dienste als Ausdruck christlicher Überzeugung zusammen zu bringen, wurde schliesslich die Heilsarmee gegründet. Ihre Wurzeln liegen im Methodismus. Die Heilsarmee sah ihre Aufgabe von Anfang an unter den sozial Ausgestossenen, denen sie die gute Botschaft nach der Losung „Seife, Suppe, Seelenheil“ brachte.
Auch im 20. Jahrhundert entstanden – ausgehend von einer Erweckungsbewegung in den USA – neue freikirchliche Bewegungen, insbesondere die Pfingstbewegung, welche allein in der Schweiz drei Freikirchen sowie eine Reihe von unabhängigen Gemeinden und Werken hervorbrachte.
Die wichtigsten Freikirchen im deutschen Sprachraum
(in alphabetischer Reihenfolge gemäss dem Online-Lexikon Wikipädia)